امکان توسعهٔ قابلیت‌های R، با افزودن بسته‌های ایجاد شده توسط کاربران آن، یکی از ویژگی‌های مهم این نرم‌افزار است. این بسته‌ها توسط R، LaTeX، جاوا، سی++ و فورترن نوشته شده‌اند. برای کمتر کردن حجم نرم‌افزار بخاطر سهولت دریافت آن، مجموعه‌ای از بسته‌های اصلی R، هنگام نصب همراه برنامه وجود دارند، کاربران می‌توانند در صورت نیاز به برنامه‌ای خاص، بسته مربوطه را نصب و از آن استفاده نمایند. در مجموع ۴۴۴۲ بسته (تا آوریل ۲۰۱۳) در شبکهٔ بایگانی فراگیر آر (CRAN) وجود دارد.

این بسته‌ها طیف وسیعی از قابلیت‌ها را در زمینه‌های مختلف تحلیل داده‌ها به R می‌دهند.

R: دارای محیط خط فرمان برای ورود و اجرای دستورات است. ابزار مختلفی جهت تسهیل ویرایش دستورات و ارتباط با کاربر برای R ساخته شده است، که برخی از آن‌ها در فهرست زیر آمده‌اند:

JGR: ویرایشگر چندسکویی بر پایهٔ جاوا

R Commander: رابط گرافیکی بر پایهٔ tcltk، دارای قابلیت استفاده از منوها به جای نوشتن دستورات (مناسب برای کاربران مبتدی و آشنا با اس‌پلاس) آراکسل

RExcel: امکان استفاده از R و R Commander در برنامهٔ ماکروسافت اکسل

rggobi: رابط برنامهٔ GGobi برای به تصویر کشیدن داده‌های ماتریسی